Qua thời gian, giống gà này đã bị lai tạp và mất đi những tính trạng tốt ban đầu[5] Do tập quán chăn nuôi hỗn hợp, không áp dụng quy trình chọn lọc nên giống gà ri Ninh Hòa bị thoái hóa, lai tạp, mất đi những tính trạng tốt ban đầu. Ở Khánh Hòa, giống gà này ngày càng thoái hóa. Hiện nay, chính quyền đang xây dựng kế hoạch thực hiện nuôi giữ giống gốc, bảo tồn và phát triển giống gà ri Ninh Hòa, quy mô nuôi giữ giống gốc 3.000 con.

Nếu giống gà này được phục hồi sẽ mang lại hiệu quả lớn Nguồn gen quý được bảo vệ, các tính trạng tốt được phát huy. Đây là hướng đi mới cho ngành chăn nuôi gia cầm trong bối cảnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa, hiện tượng tạp giao, pha trộn làm phai mờ những đặc tính quý ban đầu[5]. Giống Gà ri Phùng Dầu Sơn là giống gà nội được phục tráng từ giống gà ri Ninh Hòa, phù hợp với điều kiện chăn nuôi tập trung cũng như chăn thả vườn[6] Mô hình nuôi gà khép kín tại xã Vĩnh Lương, nuôi giống gà địa phương, giống gà ở Ninh Xuân-Ninh Hòa, có chất lượng thịt thơm ngon, dễ tiêu thụ, gà mái giống Minh Mai, có trọng lượng từ 2,5–3 kg/con và chọn gà trống là giống gà nòi cho phối giống[7].

Một trong những cách bảo tồn là mua lại những con gà có màu lông gốc để từ đó chọn tạo nhằm tìm ra dòng thuần chủng, trên cơ sở đó đã bảo tồn được giống gà ri Ninh Hòa với 5.000 con gà bố mẹ thuần và 20.000 con gà ri lai bố mẹ. Đàn gà ri đã lên tới 16.000 con, trong đó 5.000 con bố mẹ thuần chủng và 11.000 con lai bố mẹ chọn lọc chuẩn bị cho đẻ để nhân đàn. Với phương pháp nuôi gà tập trung dưới tán cây xanh, nuôi sinh sản kết hợp nuôi thương phẩm trên diện tích chuồng trại, sản xuất quy mô lớn, quy trình nuôi khép kín[8].